海事刑事案件的管辖是海事审判“三合一”改革的首阶段目标。随着改革从个案指定管辖到类案集中管辖的延伸，海口海事法院的海事刑事审判已进入制度化、常态化运作。

2020年7月，外籍渔民文某带领10名船员从境外驾船进入我国海南岛东侧陵水海域并开始由南向北至琼海文昌近海海域，进行捕捞作业......对该非法行为，海口海事法院依法判处文某有期徒刑并判令其承担生态修复费用。这是海口海事法院海事审判“三合一”后受理的首宗海事刑事案件。

改革前，海南法院管辖范围内的涉海民事、行政案件由海口海事法院管辖，涉海刑事案件由地方法院管辖，一定程度存在海洋权益、海洋环境司法保障力量分散、尺度不统一等问题，对此，海口海事法院试点海事审判“三合一”改革，探索通过个案指定管辖方式，推动集中受理特定海事刑事案件。2020年首宗海事刑事案件的审理，实现了海事民事、行政、刑事案件审理“三合一”。

随着改革工作的扎实推进，配套设施的不断完善，海口海事法院整合设立了海事刑事审判庭、海事行政审判庭和海商海事审判庭，成为全国第一家设立海事刑事审判庭的海事法院，搭建起完整的海事审判“三合一”体系架构。

2022年5月，海口海事法院率先建立起类案指定管辖制度，首次集中管辖海南法院有管辖权的（海上）交通肇事罪和破坏（海洋）环境资源保护罪两类刑事案件，延伸了海事司法管辖范围，实现了海事刑事审判制度性突破。海事审判“三合一”改革的阶段目标已顺利完成。

2023年10月，多部门联合印发建立破坏海洋生态资源环境案件行刑衔接的意见，有效解决相关案件行政执法与刑事侦查衔接不够顺畅的问题。文昌市综合行政执法局依托该机制对一起非法捕捞水产品案中的涉案网具作出首个认定意见，用时仅2天且未收取任何费用，有效缓解了该类案件办案周期长、鉴定费用高的问题。

海口海事法院集中管辖海事民事、行政、刑事案件，有利于强化法院对我国管辖的海域依法行使司法管辖权，实现了对我国管辖海域的有效管控和综合治理，为海南自贸港的建设构筑更加坚实有力的司法安全屏障。

截至目前，海口海事法院已受理41宗海事刑事案件，其中包括1宗（海上）交通肇事犯罪案件和40宗非法捕捞水产品犯罪案件。审理的首宗海事刑事案件被写入2022年最高人民法院工作报告，并获评“2021年全国海事审判典型案例”。